医药工业洁净室与其他工业洁净室有所不同，特别是无菌生产，不仅要控制空气中一般的悬浮状态的气溶胶粒子，还要控制活微生物数，即提供所谓的“无菌”环境（无菌室）。当然“无菌”是相对的，它可以用无菌保证率STA（Sterilty Assurance Level）来表示。
医药工业上获得无菌空气的方法大致可以分为两大类：
1、灭菌：利用加热（干热、湿热）、化学试剂（如甲醛、环氧已烷）、臭氧、射线（如紫外灯照射）等方法，使空气中细菌的蛋白质变性以灭菌。
2、除菌：利用过滤介质（如各类空气过滤器、高效过滤器等净化设备）或静电除尘法将空气中尘埃、杂菌、予以捕集截留。
事实上，工业应用的除菌方法往往也不是单一的，而是两者的结合，对于流动的空气（如HVAC系统、压缩空气）常采用过滤介质除菌，而对于静止环境内空气，常采用灭菌法，用于无菌室、培养室、传递窗、衣服等的灭菌。
利用过滤介质除菌在HVAC系统验证中作过介绍。按理说，顺HVAC系统中，送入经高效过滤器过滤的空气，可以使房间的活微生物数控制在规定的范围内。其实不然，实际生产时，由于机器的运行、人员的进出，建筑物的表面均会产生尘粒，从而滋生细菌并极易再吹落，特别是人员的污染几乎是唯一的细菌来源，一个人每小时约散发1000只死皮细胞（等价于20μm大小的粒子）因此无菌室的室内建筑材料、洁净服装的洗涤、晾干、包装必须在洁净环境中进行；无菌衣要经高温消毒灭菌；人员、设备、仪器进入无菌室应伯严格的消毒灭菌处理；（人手需用消毒药物或喷洒）；定期进行室内消毒灭菌操作。各国GMP均对洁净室中空气浮游菌及表面细菌有严格的规定，如USP建议洁净环境中的细菌允许值如表6所示：
由于药品生产时，在洁净室的地面、墙面、顶棚、机器、人体衣服表面可能有活微生物粒子存在，当温湿度合适时，细菌即在这些表面繁殖，并不时被气流吹散到室内。因此洁净室（特别是无菌室）一般不按排三班生产，每天必须有足够时间用于清洁、消毒。（细菌允许值表）
3、消毒的方法：常见的表面消毒灭菌方法有紫外灯照射，臭氧接触，过氧已酸、环氧已烷等气体熏蒸、消毒剂喷洒等。
清洁和灭菌是驱除微生物污染的主要手段，但必须保证清洁及灭菌的彻底性，因此药品生产企业必须制定清洁与灭菌规程，并定期进行验证，以确证清洁与灭菌剂及浓度、消毒设备、消毒时间以及最后的环境监测。
A、紫外灯消毒灭菌：紫外线灭菌灯（简称紫外灯）在其它消毒方法未使用之前，为药品生产企业普遍采用，主要用在洁净工作台、层流罩、物料传递窗、风淋室乃至整个洁净房间的消毒，由于目前已有了其它好的灭菌方法，洁净室内是否安装紫外线杀菌力最强，紫外线波长为136~390nm,以253.nm的杀菌力最强，但紫外线穿透力极弱且存在照射死角，只适用于表面杀菌；
B、臭氧消毒：臭氧广泛存在于自然界中，雷雨过后的空气有一种“清新”感觉，是因为空中放电产生臭氧，消灭了空气中的细菌和微生物净化了空气。人们在松林中也会嗅到臭氧的气味，是因为松树脂氧化产生臭氧。地球大气圈的平流层中，由于受太阳紫外线的强烈照射以及宇宙射线的激发而产生臭氧，这里臭氧集中形成一个臭氧层，它象一把保护伞挡住太阳的紫外线和宇宙射线使地球的生物免危害。科学研究表明，臭氧具有强烈的杀菌消毒作用。
臭氧（O3）的消毒原理是：臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解成氧（O2）和单个氧原子（O），后者具有很强的活性，对细菌有极强的氧化作用，臭氧氧化分解了细菌内部氧化葡萄糖所必须的酶，从而破坏其细胞膜，将它杀死。多余的氧原子则会自行重新结合成为普遍氧分子（O2），不存在任何有毒残留物，故称无污染消毒剂。它不但对各种细菌（包括肝炎病毒、大肠杆菌、绿浓杆菌及杂菌等）有极强的杀灭能力，而且对杀死霉菌也很有效。
生产臭氧的原料主要是空气和电能，一般通过高频氧发生器（电子消毒器）来获得。消毒时，直接将臭氧发生器置于房间中即可，空气中使用臭氧消毒的浓度很低，只有几个PPm，可根据房间体积及臭氧发生器的臭氧产量来计算得到。
臭氧消毒效果的验证中需确认和校正的臭氧发生器技术指标主要有：臭氧产量、臭氧浓度和时间定时器，并通过验证检查细菌数来确定消毒时间。
C、气体灭菌：对环境空气的灭菌传统做法是采用某种消毒液在一定条件下让其蒸发产生气体来熏蒸。消毒液有甲醛、环氧已烷、过氧已酸、石碳酸和乳酸的混合液等。
在所有的消毒液中，甲醛是最常用的，当相对湿度65%以上，温度在24～40℃时，甲醛气体的消毒效果最好，但采用过多的甲醛，会因聚合而析出白色粉末附着在建筑物或设备表面 ，顾应采用合理的消毒方法来进行。甲醛消毒灭菌的气体发生量、熏蒸时间、换气时间等应以验证结果来最后确定。
D、消毒剂灭菌：洁净室的墙面、天花板、门、窗、机器设备、仪器、操作台、车、桌、椅等表面以及人体双手（手套）在环境验证及日常生产时，应定期清洁并用消毒剂喷洒。常见的消毒剂有民丙醇（75%）、已醇（75%）、戍二醛、洁尔灭等。无菌室消毒我国药厂传统的方法是用甲醛熏蒸，国外药厂认为甲醛对人体有一定的危害，现普扁采用戍二醛（glutaraldehyde）喷洒，其方法是将戍二醛放在带有时间控制的自动喷雾器中，在下班后或周未，无菌室内无人时自动喷洒，其喷洒量可以调节，时间可以设定，在喷洒期间空调系统应停止工作。无菌室用的消毒剂必须在层流工作台中，用0.22μm的滤膜过滤后方能使用。