一、二级生物安全实验室为普通实验室，技术要求相对不高。三、四级生物安全实验室(以及研究非本土动物病原体的BSL-3级实验室)由于从事高危害性微生物研究，具有严格的技术要求。为了防止，污染环境和感染、传播疾病，此类实验室要求处于完全的隔离无害状态。从防护的角度出发，关键是处理好空气的隔离和排水的无害化。实验室内一般没有不同级别的防护区，每个防护区具备合理的压力梯度以杜绝防护区间空气互相串通，一般是从外到里，压力递减。就技术措施而言，防护区间空气的隔离容易实现，但对于排水的无害化要求，则由于排水系统二相流的特性和消毒的复杂性不太容易做到。因此，在三、四级生物安全实验室排水系统设计中，必须采取安全、可靠、完善和合理的技术措施以保证防护区域内排水的无害化，实现安全防护。要达到这一目的，首先要求三、四级生物安全实验室排水系统独立设置(如无条件独立设置则要求进行无害化处理)；其次要求每个防护区域内水气流不能互相串通；再次是所有源自防护型实验室、用于清除污染的传递间和浴室、卫生间大便器的排水以及防护区内II级及以上生物安全柜的污水，在最终排往下水道之前，必须经过净化消毒处理。简而言之设计的关键点在于通气隔离和排水消毒。
在排水系统设计中，要想隔绝排水管内的气流互窜是通过排水支管上设存水弯的水封作用来实现。但存水弯在使用过程中有可能因以下原因造成存水弯的水封被破坏。即：
(1)负压抽吸；
(2)正压喷溅；
(3)自虹吸；
(4)水封高度不够；
(5)长时间不用水封内的水蒸发等水封被破坏；
(6)惯性晃动。
为防止水封不被破坏就要向排水管内补充空气，使水流畅通，减小气压变化幅度，可采取以下措施：
(1)安装通气管；
(2)安装排水止回阀；
(3)安装吸气阀；
(4)水封高度加高；
(5)经常向存水弯补水；
(6)增加密闭盖。
此外大便器排水管设计的不合理，也会造成相邻其他排水设施水封被破坏，发生气流互窜。
大便器的排水是不稳定的非均匀流(大便器的支管上更为明显)，在短时间内会形成水跃，使水面壅起，瞬间充满管道断面，流速增加，动能亦增加。一定时间后水面下降，流速下降。故在短时间内会发生压力变化。
根据国家标准GB6952-2005《卫生陶瓷》要求，坐便器冲水距离≥12M，市场上有的水平喷射距离超过18米。也就是说18米的管道内都有可能发生压力变化。当不同防护要求的其他排水设施与大便器共用一套排水横管时，彼此间至少要保持大于18米的距离。在工程上，这一距离有时难以保证。因此，为彻底防止气流互窜，在四级的生物安全实验室防护区内的大便器排水应单独排出。
排水的无害化，首选加热消毒(高压灭菌)法。
在实验室核心工作区内应设置不排蒸汽的高压蒸汽灭菌器。对三、四级生物安全实验室一般常用的是专用双扉高压灭菌。双扉高压灭菌器既可以是下排气式，也可以是预真空式，其特点是高压灭菌器有两道门，能确保灭菌过程中所产生的废水、冷凝水、废气等在排放之前进行安全灭菌处理。
下排气式高压灭菌器是蒸汽在压力作用下进入灭菌器，由上而下置换较重的空气并通过灭菌器的排气阀排出。
预真空式高压灭菌器可以在蒸汽进入前使空气从灭菌器排出，并且可以在134℃下进行，通常一侧处于相对污染区，另一侧处于相对清洁区。灭菌器的排水可在污染区一侧，也叮以在清洁区一侧排放(由工艺专业确定排放位置)。
双扉高压火菌器具运行时的蒸汽经设备的热交换器做冷却处理后，以水状态排水。瞬间排水最高温度可达100℃最大流速为2.62m3/h。如排水点设在污染区，为了防止病毒的泄漏，一般直接连接在室内排水管上。由于瞬间排水有温度高、瞬时流速快的特点，在邻近火荫器排水点的其它排水的水封容易破坏，热气从管子里往外冒，为了避免此现象，建议单独设排水管。当排水点设在清洁区时，叮采用间接排水，降温后排地漏。
污水在排出前，还需将pH值调至中性。
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