洁净厂房建筑节能，不但包含着普通民用建筑的节能共性，更以其不同的生产性、辅助性建筑群体而具有它自身的特性。先进合理的设计是洁净厂房建筑节能的关键。
一、总图设计与节能
在按照药品生产质量管理规范(GMP)及满足药品生产工艺要求，避免人物流交叉，合理布局的同时，也应注重动力车间靠近负荷中心，使得总图管线短捷，从而降低蒸汽管道损耗，减少电流线路衰减，减少供水扬程损失。在保证药品生产质量的前提下，车间、仓库、水泵房、变电所等辅助性建筑尽可能合理有序地组合成一个建筑单位，从而最大程度地实现节能的目的。
二、建筑平面、立面设计与节能
在建筑平面、立面设计时将节能的理念贯穿其中，使得门窗数量、位置大不、外墙厚度与立面造型有机地结合，使其既满足工艺生产的外部环境需求，又能减少能耗。
由不同地区耗热(能)量构成的统计数据可见，围护结构传热耗热(能)量，占建筑物总耗热量的71%~77%，而在围护结构中，窗户传热及其空气渗透耗热量最大，约占建筑物总耗热量的50%~60%不等，其次是外墙传热所占的比例也较大，约为30%~45%左右。门窗的多少往往与立面设计有密切的关系，近年流行外窗很少的封闭式厂房。但不是洁净生产厂房外窗越少越好，在平面设计时靠近外墙处尽可能布置非洁净生产辅助岗位，参观或无洁净要求的生产走廊，或虽有洁净生产区而采取双层固定密封窗，那么，靠近外墙的非洁净区就可通过自然采光，自然通风来满足日常生产的需求，同样洁净生产区也可通过自然采光来满足生产需要。否则这些区域一年四季均需通过人工照明，空调送风来运行生产，这势必增加不必要的运行费用，增大产品生产成本，增加能源消耗；但也不是外窗越多越好，门窗处传热损耗大于外墙，一般是外墙的3倍以上，所以应根据工业生产有关标准，合理确定窗户面积，在满足生产采光通风的前提下，配合立面创意尽量少设窗。国家新节能标准中，对窗墙面积比作出了控制性规定，即，北向窗墙面积比为0.25，东西向为0.3，南向为0.35，但对南方地区而言，应特别控制东西向窗户。平面的凹凸变化，会使立面造型活泼生动，但变化的同时也增加了外墙的面积，据统计资料：南方地区建筑的体型系数由0.4增加到0.5，则其耗热量指标相应的增加25%。在新节能标准中，对体型系数规定“宜控制在0.3及0.3以下”。因此立面造型应采取多样的手法，不可过分追求平面布置的变化。另外，洁净工业厂房多为钢筋混凝土结构，因此外墙应尽量采取“外包”的布置形式，避免冷桥的产生，从而减少热损失，这在北方尤其引起注意。
三、屋面节能设计
屋面保温设计是建筑节能设计的又一重要环节，而洁净厂房又多为单层厂房，屋面所占外表面面积的比例较大，其耗热量指标必然大，因此屋面保温节能设计就更为重要。保温设计包括保温层厚度和材质两个方面，而尾面保温效果的好坏与保温材料的导热系数又有密切的关系。保温材质的选择应综合考虑导热系数，重量及价格来确定，导热系数小的材质较轻，对结构有好处，但它们的价格往往较贵。而保温层的厚度应根据所选的材质，结合工程所在地的气候，节能设计标准及习惯作法来计算确定。另外在夏季炎热的南方地区还应设计架空隔热屋面。
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