空调系统是动物房设计中极为重要的组成部分，空调系统设计的合理与否将直接影响到动物房的室内环境，进而影响动物实验结果的准确性和可靠性。
一、防止交叉污染
对于动物房的空调系统，根据动物房的特点均采用全空气中央空调系统，动物房中的动物饲养室及实验室等容易造成交叉污染的区域采用直流式全新风的系统，对于走廊、贮藏室等区域从节能方面考虑，一般采用循环回风的方式，但要求考虑采取避免交叉污染的措施。
二、温湿度
在设计过程中应根据动物的要求设定室内的温度及相对湿度以及控制精度。不同种类的动物对温湿度有不同的要求，特别是对温度。例如裸鼠由于无毛，环境温度-般比大小鼠高出1~2℃。而且动物房的室内温湿度一般是全年恒定的，特别是屏障环境和隔离环境必须满足这个要求。对于不同室内温湿度要求的区域最好设置为其服务的独立的空调系统，但实际上往往不能满足这样的要求。为了解决这个问题，目前常用的方式是在送风末端设置再加热器和再加湿器，对各不同温湿度要求的区域的温度和相对湿度进行微调。
有观点认为，普通环境可不设空调.仅需通风。但如果不设空调，饲养室温湿度处于失控状态，无法满足规范对温湿度的要求。
三、空气洁净度与换气次数
1.普通环境：换气次数8~10次。
2.屏障环境：空气洁净度为10,000级，换气次数10~20次。
3.隔离环境：空气洁净度为100级，换气次数20~50次。
规范给出了不同室内环境的换气次数要求，但是关于这一点似有值得商榷之处，作为洁净室的送风量按照洁净厂房设计规范，10,000级的换气次数应在15~25次，100级则应采用0.2m/s~0.5m/s来计算送风量，因为必须要有这么多的风量才能将：室内的尘粒带走，达到所要求的洁净级别，特别对于100级还必须要有特定的单向流气流流型，否则不能达到100级的空气洁净度要求。
四、室内细菌数的控制
1.普通环境：虽然规范并未对普通环境规定空气洁净度要求，但规范规定了普通环境落下菌数≤30个/皿。因此对进人普通环境的空气也需进行适当的过滤处理。在使用过程中普通环境不能采用开窗操作方式，否则落下菌数可能不达标。另外，有时业主会要求将普通环境的空气洁净度按10万级设计。
2.屏障环境和隔离环境：空气洁净度分别按1万级和100级设计。在规范所列的环境指标及检测项目中并无浮游菌一项，但浮游菌也应该是屏障环境和隔离环境的重要指标。在测定动物房静态环境指标时，可参照《药品生产质量管理规范》的要求，采用浮游生物微粒测定器来检测空气中的浮游微生物。隔离环境主要是通过无菌隔离器来实现的.隔离器装有无菌进出通风系统，内部保持一定高压并装有沟通内外而不破坏内部无菌环境的通道。
五、 压强梯度
1.普通环境：普通环境无压强梯度要求，但考虑到防止动物房异味的散发(有时动物房会与其它区域布置在同一楼层)，需在适当位置设置相对正压的气闸室或将饲养室设为相对负压。
2.屏障环境：
(1)双走廊布置：双走廊布置的压强梯度为：清洁走廊→前室→饲养室→缓冲室→污走廊清洁走廊、饲养室、污走廊之间每级压差>20Pa，清洁走廊压强最高。饲养室与清洁走廊之间的前室的压强可与清洁走廊相同或以> 10Pa递减，即清洁走廊→前室→饲养室，每级压差> 10Pa；饲养室与污走廊之间的缓冲室，其压强梯度为饲养室→缓冲室→污走廊，每级压差> l0Pa。污走廊压强最低。这样的梯度控制可以保证清洁走廊的洁净，从而确保灭菌后的笼具等物品以及检疫后清洁的动物不会受到在运行中的其它饲养室空气的影响。当某一饲养室的空气因各种原因被污染后，通过上述压差梯度的控制，污染空气泄至污走廊而被排出，进人该饲养室的人员也应遵循单向的原则，在处理工作完成后从污走廊走出，从而将污染控制在最小范围内。
(2)单走廊布置：根据规范，屏障环境当保证饲养室、实验室压强最高时可采用单走廊布置。单走廊布置在一般情况下并不适用于屏障环境，原因在于①由于单走廊不分清洁走廊与污走廊，动物排泄的污物和动物尸体等废弃物与灭菌后的清洁物品及检疫后清洁的动物共用一条走廊输送，很难保证不发生交叉污染。②由于饲养室压强最高，当某一饲养室发生空气被污染的情况时，污染空气波压至走廊，而各种清洁物品及动物也在走廊内运送，由此增加了被污染的可能。③由于当发生污染时人员无法进行单向走动，人员的进出也会将污染性的微粒带至走廊，进而影响到其它饲养室的环境。单走廊布置的屏障环境可能适用于小规模、进行短期动物实验的动物房或采用IVC装置+转换柜方式的动物房。
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