交叉污染是指通过人员往返、工具传送、物料运输和空气流等途径，使原辅料或产品受到其他原辅料或产品的污染。也指因人员、工器具、物料、空气等不恰当的流动，使洁净度级别低的区域的污染物进入洁净度级别高的区域造成的污染。
在控制交叉污染方面，要求采取合理布局、优选设备、有效隔离、加强管理等措施，并为此作了较为全面的规定。控制方法如下：
一、人流物流分开
物料的净化路径和人的净化路径应分开独立设置，人员和物料进入生产区域的出入口和净化用室设施都应分开设置。物料的入口和流动方向也必须与人流分开，尽量做到不交叉往返，避免物流通过正在操作的区域。在生产中易造成污染的物料应设置专用出入口。大型的综合生产厂房可以考虑设置多个物料入口，但彼此之间不得相互影响。生产操作区不得作为物料传递的通道，生产场所的空间应尽量减少开门，以保证操作室的气密性和洁净度。
二、工艺布局合理
生产设备应按工艺流程合理布局，尽量减少往返、迁回，一般可考虑直线形、U型或L型布置。固体制剂库间可围绕中间站按工艺流程顺序布置各生产工序。通常要求各工序之间联系方便，快捷，上下工序相邻布置。功能区要有与生产规模相适应的面积和空间安排生产设备和物料，保证生产操作衔接合理，防止原辅料、中间品、半成品、成品混淆和交叉污染，辅助设施能满足生产要求，不妨碍生产操作，方便生产管理。
三、优选设备
制药设备应结构简单、表面光洁和易于清洁；设备材料应耐消毒、耐腐蚀；设备内表面应不与物料发生反应；设备转动部件应密封，有防止润滑油等泄露的措施；不得使用吸附药物组分和释放异物的装置。
四、有效隔离
同一操作室内不能同时生产两个或两个以上不同品种或同一品种不同规格的产品。因此，注射剂车间不同品种、规格的药品在包装工序作业时应设置有效的隔离措施，灭菌前后的半成品应有有效的隔离措施；对于固体制剂车间而言，多剂型、多品种、多规格药品同时生产是其显著特点之一，因此必须采取有效的隔离措施，总的原则是尽量采取一机一室布置，除非是同一操作间不同时生产二个或二个以上品种或规格的产品，这一点在工艺布局上往往容易被忽视。
五、生产设备辅助设备分开
操作间只允许设置与操作相关的设备，辅助设备可布置在辅机间，同时可根据辅助设备与生产设备的关联程度来考虑辅机间为洁净室还是非洁净室。有时，为减少设备对操作间的影响，保证操作间洁净度和便于操作，将生产设备部分与操作面隔开布局。
六、设缓冲间
产尘的房间或区域，使用有机溶媒的房间或区域应设前室、缓冲间，防止粉尘和有机溶媒外逸。洁净室(区)与非洁净室(区)之间以及不同洁净度级别的洁净室(区)之间的人员和物料出入应设缓冲设施，包括气闸、空气锁、传递窗(柜)、传输带等。
七、防尘、捕尘装置
对固体制剂发尘量大的设备如粉碎、过筛、称量、混合、制粒、干燥、压片、包衣等应有局部防尘、捕尘设施，将其发尘量减少到最低程度。
八、结语
《洁规》中对于洁净室的污染控制措施，既包括工程设计的部分，也包括生产过程中的控制，重点在于污染前的防止举措，主要目的是降低发生污染的可能性和保持洁净室现有的洁净程度。洁净室在设计和建造时的质量就决定了日后生产时的最高质量上限。同时，污染控制贯穿于整个药品生产活动，从设计到施工、安装和运行，是一个持续的过程。所以，不仅要重视洁净室的工程设计建造，也要重视日常生产中洁净室洁净度的保持。
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