洁净车间的维护结构有很多构造上的缝隙，如墙壁或顶棚部位的板材安装缝，高效过滤器送风口、灯具的安装缝，门窗、回风口的安装缝以及管线穿孔等；仅仅采用正压措施的想法是不全面的，因为某些产品生产用洁净车间还要求与邻室保持压，而且并非只采取正压措施便能防止污染或交叉污染，应首先采取积极措施，从减少构造缝隙和加强缝隙构造的气密性着手，把空气泄漏或污染降至最低限；洁净车间维护结构与门窗等的气密性乃是洁净车间设计、建造的必要条件，没有这样的条件，想保持洁净操作环境，不仅在多数情况下会造成运行费用增加，有时甚至无法实现。
洁净车间的门窗材料应选择自然变形小、制作尺寸误差小，并易控制縫隙，气密性好的材料；对于无菌室门窗，规范严格规定不得使用木制品；空调区与非空调区之间的窗户要设双层窗，至其中一层为固定窗，不同洁净级别洁净车间之间的联系门要密闭、平整，造型简单，且门应向级别高的方向开启；门窗的密封材料有橡胶条、硅橡胶、密封胶及单、双面压敏胶带等。平开式密闭门是洁净车间中选用最多的门类型，平时供同行或者运输 ，供紧急疏散，一般选用成型断面的弹性材料作为密闭条固定密封在缝隙处。密闭条应沿活动缝隙的周边连续敷设，以便在门关闭后形成一圈封闭环形的密封线，当密闭条被分别设置在门楼和门扇的两处时，就必须注意两者有很好的衔接，尽量减少密闭条在门缝处的中断间隙。物料入口处的门外和洁净车间生产区直接通向室外的外门，为了可靠地防止室外空气侵入，除设有气闸和双重门之外，樘与扇的断面也比一般内门用料大很多，通常采用两道密闭条，形成两道密封防线；为使密闭条适应断面小、受力后压缩量大而能与压紧构件有足够的接触和良好密封条件，通常把它们做成不同类型的橡胶制空腹薄壁异型管材，并且多为模具成型商品；从洁净与受力要求来看，选用的密闭条材料应不起尘、不积尘、抗水、防霉变、耐磨、富有弹性、不易老化。
高效过滤器的安装和密封直接影响洁净车间的洁净效果，固定高效过滤器的骨架材料须平整并具有良好的刚度、防火和不发尘；一般钢材骨架须防止生锈，表面层应作镀锌处理，施工安装时表面仍难免受破损时，还需用涂料进行局部修补，也可采用钢骨架表面直接喷涂高强耐老化的涂料；无论采用何种骨架，都应注意骨架构件间的连接严密和平整，否则会使安装高效过滤器的基层界面高低不平，直接影响密封质量；在垂直单向流洁净车间中，高效过滤器的安装也有上装式和下装式之分，在水平单向流洁净车间中，高效过滤器最好在送风静压室内安装，这不但便于密封、检漏和堵漏，而且当洁净车间洁净空调系统作间隙运行时，还可以避免由于过滤器及其压框上的积尘影响室内洁净度。
洁净车间密封嵌缝措施能够防止空气渗透、新风短路以及裂缝处和不同材料交接处尘粒散落，是保持室内正压和提高空气洁净度的必要措施；对于钢材、铝材、玻璃、陶瓷、混凝土、水磨石以及弹性橡胶材料等都要有良好的黏结力，在缝隙窄而基层光滑的情况下，能长期牢固地附着在界面上；要有一定的弹性，以适应缝边配件可能产生的变形，适应一定的冲击荷载，不致开裂，保持气密。
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