各种物件在送入洁净区前须经过物料净化处理。有的物件只需一次净化， 有的需二次净化。一次净化不需室内环境的净化，可设于非洁净区内；二次净化要求室内也具备一定的洁净度，故宜设于洁净区内或与洁净区相邻。
物料路线与人员路线应尽可能分开：如果物料与人员只能在同一处进入洁净厂房，也必须分门而入，物料并先经粗净化处理；对于生产流水性不强的场合，在物料路线中间可设中间库；如果生产流水性很强，则采用直通式物料路线。具体来说，平面上的物料净化布置包括以下几个部分，即脱包、传递和传输：
1、脱包。脱包室可分为脱外包装和脱内包装。脱外包室由于会拦抖落很多微粒，所以它是最大的污染源，故应设在洁净室外侧，脱包室内应有吸尘装置，吸尘装置的排气口应安有超净滤袋。室内只设排风，或既有净化送风、消毒措施，又有排风，但都应对洁净区保持负压或零压；如果污染危险性大，则对入口方向也应保持负压。脱内包室一般在洁净区内，应有净人送风，并对洁净区保负压，有时还可设紫外灯照射消毒。
2、传递。传递主要是指在洁净室之间作为物件的短暂非连续的传递，传递主要靠传递窗，传递窗是设在室间墙壁上的两面有门的箱体可以落地。传递窗按构造原理分为一-般型、联锁型和净化型。如果两室间传递的并非异种品种，没有交叉污染后果，则可用一般型传递窗，有条件时用联锁型当然好，但不联锁的绝不是不能用，因为可以用其他措施，用教育，使工人掌握正确的使用方法，即对方窗门未关，本方窗门就不要开，可以通过标识、灯光等加以告诫。如果在传递中有发生严重交叉污染的可能，则可用净化型传递窗。这种传递窗内有净化空气循环，并对所传递一方保持相对负压。
3、传输。传输主要是指在洁净室之间作物料、物件的长时间连续的传送。由传送带造成的污染或交叉污染，主要来自传送带自身的”沾尘带菌“和带动空气造成的空气污染。
如果车间内生产流水性强或为了防止不同等级的洁净区间相互污染或交叉污染或生产工艺要求防止不必要的交叉污染，物料在无尘车间之间按照规定工艺流程通过传递窗或者其他装置依次传递；为了适应产品、中间产品在工序之间进行物料传递的不同情况，使用的传递窗也有不同的类型，一般多为两道平门式的箱式传递窗，往往将两道门做成机械连锁开关，即一道门处于关闭状态时，另一道门才能开启；在关闭频繁或者开启较长时间的情况下，有的还在箱体内设置有高效过滤器的空气幕。
洁净区中经常使用通过式灭菌设备来传递物料，输入物料后经过一段加热灭菌后再从无菌室内开启另一端取出物料；流水作业时，有的需要在无尘车间隔墙上开孔，以不断穿墙输出成品，于是孔洞处即成为室内净化的一个薄弱环节，一般处理办法是增加室内正压，或者同时在孔洞上方设置气幕装置；当输送小件物品时，也可在保证室内正压的情况下将传送带分别设在孔洞的两侧，洞口设紫外线灯。在物净的区划设计中需要使其与工艺流程、净化空调系统的布置及其物料的传递等有机结合起来，同时物净路线应简洁、明确，避免往返、过多曲折和交叉，空间尽开敞通顺，并应与安全入口和参观线路等一起考虑。
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