洁净室单向流式气流组织，平行气流为主方向气流，基本没有横向气流间的混掺，污染源所散发出的尘菌等污染物质在向室内扩散之前就被挤压排出室外，污染物质基本不会在室内形成扩散；洁净气流本身对污染源会产生隔离作用，抑制了尘菌等污染物向房间扩散；单向流式气流组织方式要求室内断面保持一定的风速，其折算的换气次数高达每小时数百次200~600次/H，为非单向流的10~20倍，故可以使室内达到较高的洁净度；由于平行气流对污染物质的扩散抑止作用，使得其较少被稀释，且在下风向侧的污染物浓度可能会增大。
提高过滤器风口侧面出风速度，如采用带扩散口的风口和侧面为条形开口的风口，一般侧风口的送风速度为中间风口的3倍以上为宜，这样可保证气流从风口侧面排出，提高风口的送风气流均匀性；提高送风速度的均匀性，一般情况下造成送风速度不均匀的原因主要有过滤器阻力不均匀、静压箱内的压力分布不均匀以及向静压箱送风的管道风速过大，由于送风速度及阻力的不均匀，使得相应区域的风量不均，风速也不同，破坏了气流的平行性，而且可能发生诱导现象。静压箱的高度应尽可能加大，以高于800mm为宜，同时应在过滤器的下方设置阻尼层，以调整过滤器阻力，阻尼层的作用也是要保证其下方为均匀的平行的单向流。
阻尼层一般由金属孔板制作，孔板的开孔率应在60%以上，阻尼层不可用易台尘甚至本身易带尘的材料，如一般无纺布；在可能的条件下应对静压箱实行分散对称进风，而不宜采用集中送风方式，而且送风速度应小于7m/s为直；在单侧送风或送风速度较大时，可在进风口附件1个~2个过滤器上面安装可调挡风板或在静压箱内加设挡板，以调节静压箱的阻力。
提高回风速度的均匀性，造成回风速度不均匀的主要原因有：①地面回风沟处口风速太大，回风格栅阻力太小，回风过于集中等；②为防止或降低回风不均匀现象，一般采取分散风管、在风管上设置调节阀，将回风口吸入速度减小到5m/s以下，调节地面开口比，在孔板或格栅下面设置风量调节阀或在回风管道上进行局部阻力调整等措施，以提高回风速度的均匀程度。
洁净室根据流方向一般把单向流式气流组织分为垂直单向流和水平单向流两种形式。
垂直单向流气流组织根据送风口的构造形式可分为顶棚满布过滤器送风式、全孔板送风式和顶棚满布阻尼层送风式等；根据回风口的构造形式及设置位置可分为地面满布格栅回风式、地面满布孔板回风式、两侧下回风式、周边压出回风式和两侧双层壁回风式等。顶棚满布高效过滤器送风，全地板格栅回风的垂直单向流洁净室，可获得均匀的向下单向平行气流，因而自净能力强，能够达到最高的洁净度级别，不仅工艺设备可任意布置，而且可简化人身净化设置；但是顶棚结构较复杂，造价和维护费用高，高效过滤器堵漏较困难；如果洁净室面积较小，风量不大，而且室宽也不大，可以把高效过滤器侧布。
水平单向流式气流组织根据送风口的相互关系和气流方向，可分为垂直式、敞开式或隧道式、一侧回风式、双侧回风式、双层壁双侧回风式、上回风式、 对送式及串联式等不同形式。洁净室回风墙一般安装中效过滤器，对于某些用途的洁净室，为了避免室内操作过程发生的特殊微粒污染管道系统，或者为了收集这种微粒以集中处理，则在全循环情况下回风墙上布置高效过滤器而送风墙上布置中效过滤器；这种洁净室只在第一工作区达到最高洁净度，当空气向另一侧流动时 ，含尘浓度逐渐增高，适用于工艺过程有多种洁净度要求的情况，造价较垂直单向流洁净室低很多。
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