鉴于洁净厂房的非凡性和火灾危险性，洁净厂房在建筑设计中应注重以下方面：
一、防火分隔
洁净厂房的耐火等级不应低于二级。防火墙间最大答应占地面积，甲、乙类生产的洁净厂房在“洁规”中已明确规定：丙、丁、戊类生产的洁净厂房应符合现行国家标准《建筑设计防火规范》的规定。
洁净厂房楼层数的判定和适用规范的建筑物的高度：由于工艺要求，洁净厂房的层高一般较普通厂房高，并需要设置上下技术夹层或技术夹道，有的厂房的技术夹层的高度可达4~5米，夹层内设置一些设备、风机、风管、电缆、气体和液体的输送管道。它与洁净区之间由镂空地板、吊顶或错综复杂的管道上下连通。假如将技术夹层算为独立的一层，防火分隔显然很困难，认为可将上下技术夹层及生产区作为一层来考虑，但应在上下夹层内设置相应的消防设施。例如：上海某生产厂房内，洁净区部分上下分三个区域，即上技术夹层、洁净区、下技术夹层。三个区域之间由于工艺非凡要求，均使用耐火极限达不到楼板要求的材料进行分隔。像这种厂房只能作为一层厂房考虑。但假如上下夹层设置生产设备人员密集的场所时，应按“建规”要求，每层之间设置防火分隔，并达到相应的楼板或隔墙等耐火极限要求。另外，“洁规”和“征求意见”对规范适用的洁净厂房建筑高度有明确的要求。非凡是“征求意见稿”明确有关防火和疏散、消防设施章节的规定，不适用于建筑高度超过24米的高层洁净厂房和地下洁净厂房的设计。在实际设计审核中，建筑高度超过24米的单层洁净厂房或建筑高度超过24米，超过24米的部分为设备用房的洁净厂房仍适用规范。
洁净生产区域的认定：“洁规”要求“在一个防火分区内的综合厂房，洁净生产区与一般生产区区域之间应设置非燃烧体隔墙封隔到顶。隔墙及其相应的耐火极限不应低于1小时，隔墙上的门窗耐火极限不低于0.6小时。所谓“一般生产区”即无洁净度要求的生产车间、辅助房间等。“洁净生产区”即有较高洁净房或洁净厂房中的一些污染走道、人员走道、物品通道或现在各种洁净厂房服务或设置在洁净生产区内，只是这些走道部分无法满足洁净要求，但它们与洁净生产使用共同的空气调节系统或工艺的流程要求，它们之间无法作严格的防火分隔。若机械地执行此规范要求，无论在洁净生产工艺方面还是在空气调节系统的设置方面确实有很大的难度。区分“洁净生产区”与“一般生产区”的主要方法还应根据工艺流程和空气调节系统的实际情况，即同一工艺流程或使用同一空气调节系统的生产区可视为一个区域。
二、安全疏散
安全出口与疏散通道：在洁净厂房的设计中，人员的安全疏散是尤为重要，也是较复杂的。“洁规”要求每一生产层、每一防火分区或每一洁净区的安全出口数量，均不应少于二个，且安全出口应当分散布置。其疏散距离符合“建规”的要求。“建筑” 等规范要求疏散道的隔墙应采用耐火极限不低于1.0h的不燃烧体与生产区和建筑的其他部分隔开。以上情况对于洁净厂房均为理想的疏散体系。然而在大多洁净厂房内，由于工艺流程、设备布置的要求，设置独立的疏散走道很困难，厂房内疏散走道均与洁净生产区内人流、物流路线合二为一。所谓的走道隔墙大多是洁净室的隔墙，而现今的洁净室隔墙板材均达不到1.0h的耐火极限。由于洁净厂房内的人流、物流复杂曲折，首先，设计时应尽量使疏散路线与工艺流程分隔开，满足从任何一处生产地点至安全出口不经过曲折的人员净化路径，应直接明了避免曲折，且在走上设置明显的指示标志；其次，洁净厂房内设置了早期警探测器和自动喷淋灭火系统，其对疏散的要求也可适当放宽，走道隔墙的耐火极限可适当降低，耐火极限应尽量不小于0.5h，但必须采取不燃材料。对于不同生产危险、不同性质的洁净厂房，应根据实际情况，考虑设置相应较完善的疏散体系。另外，顺便提出，在洁净厂房中，由于洁净生产的非凡工艺要求，人们进出的路径往往是单一或单向的，非凡是喷淋部分的门，均使用空气锁或其它非凡的控制方法。旦发生火灾或其它事故应有可靠的措施打开被控制的门，保证人员的疏散。
火灾扑救出入口的要求：由于洁净厂房是个封闭间，一旦发生火灾，给消防队员的扑救带来困难，因此规范要求洁净厂房的外墙应设可供消防队员通往厂房洁净区的专用消防口，消防口的间距不大于80m，其宽度不应小于750mm，高度不小于1900mm，应有明显标志，消防口平时可封闭，使用时由消防队员从室外打开。设计中在厂房内的火灾扑救入口门应尽量开设在楼梯间内或疏散走道上，保证灭火人员的自身安全。
三、室内装修
在洁净厂房中，还应注重装修材料的使用。洁净区内的走道隔墙、房间隔墙、吊顶、地板，其内装修的构筑龙骨和保湿层均应采用非燃烧体或难燃烧体。根据目前把握的资料，洁净厂房内大量使用的板材大多达不到“建规”的耐火极限要求。所以在选用时，应尽量考虑经过耐火极限试验的板材，对其中保湿层的选用应考虑使用发烟量少、燃烧后烟气无毒性或不产生窒息性物质的材料。
洁净厂房内的风管和水管的保温材料均应尽量采用不燃材料。厂房内采电的电缆、电线及电缆线槽应采用燃电缆和防火线槽，穿越板材的电气线路应尽量做到金属管保护，减少火灾发生的可能和火势蔓延的途径。
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