实验室通风设计与舒适性空调系统的通风设计是有区别的。实验室通风设计有实验用的通风柜排风和室内平时排风两种，通风柜排出实验中产生的有害气体(臭气、湿气以及易燃、易爆、腐蚀性气体)。以前通风柜是作为实验台的辅助设备，而目前实验台上进行的实验逐渐转移到了通风柜内，使用台数的日益增多，就要求通风柜具有最适于实验使用的功能，要求通风柜具有排放功能、小倒流功能、隔离功能、补风功能等，不只是提供舒适的工作环境，减少人员暴露在危险空气下的可能，还要保证工作人员的身体健康，不造成伤害。通风柜的类别很多，包括中央实验台、边台、药品柜、器皿柜等，这些通风柜是实验室设备中最重要的设备。但它并不是室内唯一的排风装置,实验室还有平时排风口，布置在仪器室或产生危险物质的仪器上方。
(1)实验室通风系统的设置原则是有毒、无毒分开排放，有机物、无机物分开排放。根据各学院实验室的实际情况，每个实验室排风系统基本是单独设置的,少部分实验室排风系统是同层相同功能房间的多台并联系统。
(2)实验室通风柜排风与室内排风共用一套排风系统(风管及风机)。风机风速有三挡(或为变频风机)，低速时为室内平时排风(换气次数见室内设计参数)，中速时为通风柜排风(1600m3/(台●h))，高速为室内平时排风加通风柜排风。风机设置在屋面，排风管为负压，完全避免有害气体在室内泄露。
(3)各通风系统均配有排风补风系统。低速排风时的补风由室内人员新风补充。通风柜补风量大，为避免大量抽用房间内空气，造成能源的浪费，采用了带补风的通风柜，补风由室外直接供给。补风管设电动风阀，与通风柜排风联动，通风柜排风时抽吸室外风补风。补风在柜内循环后排排除室外,设计中大部分通风柜选用了上部排风和通风柜后侧补风的形式。虽然在控制上复杂一些,但为今后使用提供了便利。
(4)对通风柜操作面的吸入风速进行控制，防止有害气体逸出。对一般无毒的污染物风速控制为0.25~ 0.38m/s。对一般无毒的危险的有害物风速控制为0.4~0.5 m/s，剧毒或有少量放射性物质风速控制为0.5~0.6m/s。为了确保通风顺畅，排风机应有必要的静压。另外，确定排风风速时还必须注意噪声问题，通风管道内流速以5~8m/s为限。
(5)洁净实验室的通风设计如下：
①对有洁净等级要求的正压实验室、回风与经过集中处理的新风混合后进入空调机组的洁净实验室，机组内设中效过滤，房间送风口设高效送风口，回风口处设空气阻尼层，气流组织采用上送侧回；通过调节回风阻尼层阻力调节回风量，以实现对洁净室的正压控制。在机组新风入口处设电动风阀，与洁净空调机组联锁。洁净实验室送风量通过缓冲间压出，在缓冲间外的实验室房间常配有通风柜排风和房间排风，满足各房间的压力梯度。
②对有洁净等级要求的负压实验室，如动科院寄生虫实验室的细胞培养室，既要保证洁净，又要保持负压。送入洁净间的风量为此房间排风量的70%~80%，并加定风量阀锁定送风量。排风机与空调机联锁运行，排风口处加定风量阀，以满足实验室压力梯度的要求。另外，与正压实验室不同的是负压洁净实验室外的房间内仍要保证为同洁净等级，因此洁净空调其余20%~30%的风量送至实验室辅助房间、非实验区域，使气流流向从安全区到产生危险物质的实验房间，既保证污染源不泄漏，又保证了实验室的洁净等级。
(6)一些有特殊排风要求的实验室(例如有药品柜、安全柜的实验室)，其排风机配置变频器，实现24小时不间断排放。而一般实验室房间排风均为负压，压差约5Pa。
(7)有的通风柜内需要安置电炉，有的实验产生的大量酸碱有害有毒气体具有极强的腐蚀性，通风柜的台面、衬板、侧板都应具有防腐功能。使用硫酸、硝酸、氢氟酸等强酸的场合，还要求通风柜的整体材料必须防酸碱，须采用不锈钢或玻璃钢材料制造。风柜内衬板材质采用环氧树脂板。
(8)实验室的A声级噪声限制值为50dB，增加管道截面尺寸可以降低噪声，考虑到管道的经费和施工问题，大部分风量为1600m3/h的通风柜与实验室房间的管道、有平时排风要求的竖井的截面尺寸多数为350×400mm。
(9)实验室排出的有毒和酸碱腐蚀性极强的气体会对环境造成污染，在排入大气前根据气体的成分采取吸取、过滤等措施对其进行净化处理，使排出气体有害成分低于国家环保卫生要求。例如动物房的气体经过粗效和中效过滤后，直接排入大气，排出口应高出顶部3m以上。
(10)洁净实验室事故排风换气次数为12 h-。事故排风装置的控制开关应分别设在洁净室和室外便于操作的地点,并应与净化空调机联锁，室内宜设报警装置。
(11)对需要氢气、乙炔和燃气的实验室，要作好房间内的通风。当实验房间没有可开启外窗时还要设置燃气泄漏报警装置(防爆型)和事故排风(换气次数为12h-)，控制开关设在实验室便于操作的地点。
(12)空压机房设通风，保证站内设计温度低于40℃。2台空压机共用1个排风管，排热至室外，空压机进风口与冷却用空气均来自室外新风。
(13)对竖向设置的发热量较大的网络机房设竖向集中排风，可有效控制服务器机房的温度。
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