一、温湿度不均衡
制药厂的洁净厂房根据药品品种、洁净级别、运行班次、使用时间等划分为不同的洁净空调系统，常采用一次回风处理方案。其处理方法和具体计算与一般舒适空调有所不同，加上每个系统房间较多，各个房间热湿负荷不同，设计时较难兼顾，经常会出现室内温湿度不均衡现象。关于室内温湿度出现阴阳面的问题，主要是由于空调风与循环风混和不均所致，可采取将空调送风口均布的方法改善。
二、高效过滤器的安装位置
根据GMP规范规定，洁净空调的高效过滤器应设置在系统末端，放在送风口内，这是由高效过滤器本身的特性以及洁净室的自身要求所决定的。如果高效过滤器的安装位置不当，后果是严重的。延安某药厂的片剂车间，其空调系统的高效段没有按规范设置在系统末端，而是设置在空调机组送风机的正压出风段，导致片剂车间的高效过滤器更换频繁。
将高效过滤器集中设在空调机组的正压段，虽然便于对过滤器进行集中管理，统一更换，还可避免在洁净室内更换过滤器产生新的污染，但这种安装位置容易导致过滤器(采用超细玻璃纤维材料制作)被强大的气流吹破，使室内洁净度超标，而更换高效过滤器的费用也是颇为可观的。此外，空气在经过高效过滤器被风管送往室内的过程中，也很容易受到风管内的尘埃、风管及阀门锈蚀产生的杂质的再一次污染。所以，不能片面的认为高效过滤器更换频繁只是大气含尘浓度高的原因，其实高效过滤段设置不当也是原因之一。为了及时监测过滤器的使用情况，空调系统的每个过滤段都应装设阻力监测装置，如压差计等。
此外，考虑到每个净化系统的气流组织，设计人员一般会把高效风口布置在各净化房间的中央。但是洁净室的墙壁、顶板目前基本上都是采用金属壁板，预先由工厂制作统一规格的壁板，再现场组配出来的。这样一来，有时会出现以下的情况：无论怎样调整，有的风口要么穿越顶龙骨，要么在二块顶扳的接缝处，只好现场移动风口位置，相应的还要修改风管的布置。因此，在布置高效风口时，设计人员和壁板供应商必须反复协调确定风口位置，不能简单地布置在每个洁净室的中央。
三、空调机组排水水封失效
空调机组在夏季运行时，表冷段的冷凝水通过排水管排入附近地漏，排水水封里存有一定水量，起到隔离机组外污浊空气的作用。但在冬季运行时，由于表冷段不工作没有冷凝水排放，而机组外空气又比较干燥，这样水封里的水很快会蒸发掉，失去隔离作用，机组外的污浊空气就会通过排水管进人空调机组，污染机组内的洁净空气。轻者，可能降低空调机组与空气过滤器的使用寿命；重者，将直接影响药品质量，给企业带来损失。如果我们在设计及运行管理中采取一些技术改进措施，是可以避免这一问题的产生的。首先，我们可以在排水管上加设阀门，冬季运行时将阀门关闭，或者在排水管上加设补水装置，定期补水，防止水封缺水；其次，在设计中也可以将空调机组的功能段做适当的调整，，在冬季运行期间，将通过加湿段排出的冷凝水随时补充到表冷段水封中，从根本，上解决了水封失效的问题，既优化了设计方案，又达到安全经济运行的效果。
四、安全措施不到位
有的空调设计人员和业主认为安全措施是给排水、消防等其他专业的事，对此不够重视，以为洁净空调只要能满足净化级别、温湿度、压差控制等要求就行了，这种想法是错误的。抱有这种想法进行空调设计和运行管理，必然导致洁净空调在防火与安全方面出现闪失。忽略或者不重视安全技术措施，给整个洁净工程都会留下很多不安全隐患。在空调设计和运行管理中，应注意以下措施的采用：
(1)对于产生大量粉尘或有易燃易爆危险的生产场所，其洁净空调的空调风机等设备必须选用防爆型(除非空调设备设在单独隔开的机房内，且在送风干管上设有止回阀)，其防火防爆性能应满足生产工艺要求。
(2)洁净空调的管材、保温保冷材料必须满足，防火要求，应采用不燃或阻燃材料。不合格的保温材料是洁净空调的主要不安全隐患，也是火灾事故得以蔓延的主要原因之一。
(3)按规范要求设置防火阀、止回阀等有关阀件。洁净空调的送、回风及排风管穿过楼板、防火墙处必须设置防火阀。防火阀应与空调风机联锁。在实际生产中发生火灾并失去控制的，往往是由于没有设置防火阀或防火阀失去效能。对于火灾危险大的场所，还应设置自动喷洒灭火系统、气体灭火系统和报警系统。
所以，对洁净空调的安全运行，设计及管理人员都应引起足够的重视。在目前《洁净厂房设计规范》等对洁净空调的防火与安全没有明确界定的情况下，设计人员可参考《建筑设计防火规范》中关于暖通空调部分的有关内容，并结合洁净工程工艺生产的特点进行设计。对任何一个洁净工程，仅仅满足洁净级别、温湿度、压差控制等要求是远远不够的，在任何时候都应该把安全放在首位。
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