工艺用水与工艺用气在无菌医疗器械生产上都普遍使用，这些设施虽可以是安置在洁净厂房外的独立设备，但由于产品实现过程中的各种特定条件的要求，其使用点一般均设在洁净室内，并且与产品多次接触，或直接参与产品的化学、物理和生物检查过程，这些基础设施的清洁程度往往要比空气洁净程度对于产品质量有更加直接的影响。
1、工艺用水的净化
工艺用水分为原水、纯水(即去离子水、蒸馏水)和注射用水。通常工艺用原水为自来水，它是用天然水在水厂经过凝聚沉淀与加氯处理得到的，但用工业标准来衡量，其中仍然含有不少杂质，主要包括溶解的无机物和有机物、微细颗粒、胶体和微生物等。
无菌医疗器械生产中工艺用水的主要指标有电阻率、PH 值、重金属含量、细菌、热原等；工艺用水的“纯度”是相对而言的，通常多把脱盐水、蒸馏水、去离子水统称为纯水。纯水的电阻率(25℃) 一般在0.1~1.0×106~1.0×107Ω/cm 之间，含盐量在1.5mg/L~0.1mg/L以下，有一个相当宽的区间。实际上的理想的“纯水”是没有的，因为它具有极高的溶解性和不稳定性，极易受到其它物质的污染而降低纯度。去离子水必须用饮用水为水源，经离子交换而制备，蒸馏水可用饮用水经蒸馏而制备，纯水的制备还可以采取反渗透的方法。但纯水仍不能去除热原，所以注射用水必须用上述方法制得的纯水再进一步通过蒸馏而制取。纯水制备系统没有一种固定模式，要综合权衡多种因素并可根据各种纯化手段的特点灵活组合应用。既要受原水性质、用水标准与用水量的制约，又要考虑制水效率的高低、能耗的大小、设备的繁简、管理维护的难易和产品的成本。
为了保证纯水的水质稳定，制成后应在系统内不断循环流动，即使暂时不用也仍要返回贮存容器中重新净化后再进行循环，不得停滞。制备工艺用水和输送工艺用水的管道及安装必须采用符合卫生学要求的材料和安装措施。工艺用水的设施安装完成后要按照相关的要求进行验证确认。
2、工艺用气的净化
医疗器械生产所用的工艺用气体主要指压缩空气。评价工艺用气体洁净度的指标一是纯度，二是气体中夹带的尘粒以及细菌数。空气中的含尘量为1140~265 粒/L (0.3μ m)。从气体发生站用管道输出的气体中含尘量大于600粒/L (≥0.3μ m)。而生产用气体- -般要求的含尘量不大于3.5粒/L (≥0.5μ m)。因此必须要在管道使用的末端安装尘粒过滤器。其过滤器多采用微孔滤膜，常用的滤膜有0.22μ m、0.45μ m、1μ m、3μ m、5μ m等不同的孔径，选择不同的滤膜从而可以达到所需的压缩空气净化程度。
3、洁净区域的排水
洁净区排水系统系指室内排水系统。室内排水系统的任务是把零件清洗与卫生器具和生，产设备排除的污水迅速排到室外排水管道中去，同时需防止室外排水管道中的有害气体、臭气、害虫等进入室内，产生微生物污染。因此洁净区域的排水系统也是极其重要的。无菌医疗器械企业所产生的污水一般有三大类：
1)生活污水：包括卫生洁具、洗手设施、淋浴设施及其他日常生活等排出的污水；
2)生产废水：是指生产过程中所产生的污水和废水，包括产品零件清洗，工装设备及工位器具和容器的清洗用水、工艺冷却用水等；
3)雨水：包括屋面的雨水及融化的雪水。
无菌医疗器械生产洁净室内排水必须遵守有关规定，采取的措施主要有：
1)100级的洁净室内不宜设置水斗和地漏，10000级的洁净室应避免安装水斗和地漏，在其它级别的洁净室中应把水斗及地漏的数量减速少到最低程度；
2)洁净室内与下水管道连接的设备、清洁器具和排水设备的排出口以下部位必须设计水弯或水封装置；
3)洁净室内的地漏，要求材质内表面光洁不易腐蚀，不易结垢，有密封盖，开启方便，能防止废水、废气倒灌，必要时还应根据产品工艺要求，灌以消毒剂进行消毒灭菌，从而可以较好地防止污染；
4)生产中产生的酸碱清洗废水亦应设置专用管道，应采用耐腐蚀的不锈钢管道、PVC塑料管或ABS工程塑料管中引至酸碱处理装置；
总之，洁净区域应尽量避免或减少安装水斗和下水道，而无菌操作区则应绝对避免。如确实需要安装，则应在工程设计时要充分考虑其安装位置并便于维护、清洗，使微生物的污染降低到最小的程度。
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