洁净医学实验室通常为整体建筑的的一部分，通常布置在医疗机构的各医疗科室的最内侧，这类实验室的围护结构通常采用轻质复合结构墙体，要求这类墙体整体性好、拼缝少、有利于建成后的卫生保持。地面也采用整体性好的地面。由于是洁净区，通常不设计可开启的外窗，窗可以采用金属框架或者合金框架的双层固定窗。门通常采用金属壁板无菌实验室通常包括换鞋、男女一更、男女二更、缓冲、走廊、无菌实验室、洁物入口、污物出口。二更可以兼作缓冲间，换鞋可以和一更合并。在建筑面积有限的场所物流出入口可采用传递窗代替。
PCR 实验室主要由四个独立的功能单元构成：样品和试剂准备区、核酸提取室(标本制备区)、扩增区、产物分析区。每个区之间设置传递窗；每个区需要有自己的缓冲间，当不设置统一的人流出入口时，各缓冲间都要兼做各区的更衣室。设计比较好的PCR实验室可以设计统一的人员出入口、洁物入口和污物出口。PET中心包括一更、缓冲、二更、气闸、物流入口分装准备室、分装热室、热室后室。比较完善的PET中心还要设计配套的无菌检测室和阳性对照室。
生物安全一级实验室的可以是一间安装了生物安全柜的独立的房间，实验室的门应有可视窗锁闭，门锁及门的开启方向不应妨碍室内人员的逃生。详细要求可以参照《实验室生物安全通用要求》GB19489- 2008。生物安全二级实验室宜设置更衣室和主实验室，主实验室内设置生物安全柜，主实验室要求维持微负压。详细要求可以参照《实验室生物安全通用要求》GB19489- 2008。生物安全三级a类实验室防护区应包括主实验室、缓冲间等，缓冲间可兼做防护服更换间；辅助工作区应包括清洁衣物更换间、监控室、洗消间、淋浴间等；生物安全三级bl类实验室防护区应包括主实验室、缓冲间、防护服更换间等。辅助工作区应包括清洁衣物更换间、监控室、洗消间、淋浴间等。主实验室不宜直接与其它公共区域相邻。详细要求可以参照《生物安全实验室建筑技术规范》GB50346- 2011。生物安全四级实验室防护区应包括主实验室、缓冲间、外防护服更换间等，辅助工作区应包括监控室、清洁衣物更换间；设有生命支持系统四级生物安全实验室的防护区应包括主实验室、化学淋浴间、外防护服更换间等，化学淋浴间可见做缓冲间。详细要求可以参照《生物安全实验室建筑技术规范》GB50346-2011。
改造的洁净医学实验室的室内净高不宜低于2. 5米，新建的洁净医学实验室的室内净高不宜低于2. 6米三级和四级生物安全实验室宜设置设备层，设备层警告不宜低于2.6米。
洁净医学实验室的墙面、顶棚的材料应易于清洁消毒、耐腐蚀、不起尘、不开裂、光滑防水、表面涂层已具有抗静电性能。通常的材料有各类满足防滑要求的复合彩钢板、电解钢板、铝板或者不锈钢板。洁净医学实验室的地面应采用无缝防滑耐磨、耐腐蚀地面，踢脚与墙面齐平。地面与墙面的相交位置及其围护结构的相交位置宜做半径不小于30mm的圆弧处理。通常的地面材料有：彩色自流平地面、PVC 卷材焊接地面、橡胶卷材地面等等。洁净医学实验室的门应能自动关闭、并设置观察窗，并设置门锁。实验室的门宜开向压力较高的区域。缓冲间的两个门之间要能够互锁。需要打压测试的区域的门要采用密闭门，密闭门可以是机械压紧式或者充气式，当设置充气式密闭门时，要设置压缩空气系统。无菌实验室的设计应充分考虑超净工作台等大型设备的安装空间和运输通道。PCR实验室的设计考虑超净工作台、通风橱、生物安全柜等大型设备的安装空间和运输通道。PET中心的设计考虑热室分装机的安装空间和运输通道。生物安全实验室的设计考虑生物安全柜、双扉高压锅、污水处理设备等大型设备的安装空间和运输通道。洁净医学实验室的结构设计要充分考虑超净工作台、通风橱、生物安全柜、离心机、热室分装机、生物安全柜、双扉高压锅、污水处理设备的荷载情况。
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