微生物学检验实验室软件建设主要包括：工作人员的配置、工作管理制度的建设、微生物学检验项目的安排。
一、人员配置
工作人员配置是实验室建设的重要组成部分，一般微生物学检验实验室通常有检验工作人员和管理人员，有条件的实验室还可配备专职清洁人员。
（1）检验工作人员
检验工作人员是从事食品的微生物检验和理化检验工作，并对食品原材料和食品包装材料进行检验。微生物学项目实验室通常配备3~5个人左右，且要求拥有相关学历并取得职业资格职称的从业者。另外，由于从事食品生产工作，还要求有健康证证明等有效证明资料。从业人员还应该具有良好的卫生习惯和职业道德，工作认真负责。
（2）管理人员
管理人员职责是负责管理整个实验室的工作。主要从事监督和安排其他人员的工作并处理其他重要事件，但也是最终责任人。因此，管理人员必须有经验有能力和能灵活处理各有关事务，负责管理整个组织系统的各方面工作。
二、工作管理制度的制定
每个企业都有自己的规章制度，对于食品生产工厂除要遵守国家的有关法律法规外，还要根据具体情况来制定严格的规章制度。微生物学检验实验室的制度直接影响食品微生物学检验的结果，是关系到广大消费者的身体健康问题，所以必须遵守国家的有关标准并结合工厂实际情况制定相关制度，做到各项规章制度健全、规范，使工厂工作达到程序化、规范化、科学化。
微生物学检验实验室制度的建设主要包括实验室管理制度和实验室技术操作要求。
（1）实验室制度建设
食品工厂微生物学检验实验室制度主要包括：实.验室管理制度；仪器配备和管理制度；药品管理和使用制度；玻璃器皿管理和使用制度：安全制度；环境条件要求等。
（2）实验室技术操作要求
食品工厂微生物学检验实验室技术操作主要要求：无菌操作要求；无菌间使用要求；消毒灭菌要求；有毒有菌污染物处理要求；菌种保管要求；培养基制备要求；样品采集及处理要求；样品检验、记录和报告要求等。
具体的工作管理制度在此不作详细讨论，企业可根据具体情况结合实际需要作适当调整使用。
三、微生物学检验项目
微生物广泛分布于自然界中，其中绝大多数的微生物是有益的，但对于食品而言由于微生物的污染，所造成粮食和食品的霉变、腐败，以致引起食物中毒和传染疾病等，此时对人类是有害的，直接关系到广大人民的人身安全。食品的微生物检验项目主要有：菌落总数的测定、大肠菌群的测定和致病菌的测定等，
（1）菌落总数的测定
菌落总数指食品样品经过处理，在一定条件下培养后(如培养基成分、培养温度和时间( PH值、需氧性质等)，所得1m(g)样品中所含菌落总数，是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。
（2）大肠菌群的测定
大肠菌群指一群能发酵乳糖、产酸产气、需氧和兼性厌氧的革兰氏阴性无芽孢杆菌，主要包括：大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白化菌、阴沟肠杆菌等。该菌群主要来源于人畜粪便，故以此作为粪便污染指标来评价食品的卫生质量推断食品中大肠菌群及肠道致病菌污染，发现潜伏的食物中毒可能。
（3）致病菌的测定
致病菌的测定对实验室及检验人员的条件要求较高，一般食品厂主要以送检的形式来测定，由专门的有权威性机构进行检测。
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