GLP实验动物设施中屏障环境是设施的核心组成部分，为了保证屏障环境工作的正常运转，不仅要长期固定的为屏障环境内的实验动物提供适宜的温度、湿度、光照等，还要做好屏障环境消毒工作。并且定期检测消毒效果，保证屏障内动物无特定病原微生物的感染，避免影响实验动物健康和实验结果。其消毒方法根据性质可分为物理消毒方式和化学消毒方式。不同的对象进出屏障环境所选用的方式方法也不同，这是依据其本身性质而决定的。
屏障设施消毒范围包括屏障内环境与实验辅助环境。除环境消毒外还包括饲料、垫料、饮用水、笼具、饮水瓶、实验用具、清洁工具等物品。消毒工作应用到的设备如高压蒸汽灭菌器、紫外线照射传递窗、喷壶等。
一、屏障环境的消毒
1.屏障环境启用前的消毒
对于屏障环境启用前的消毒常采用甲醛-高锰酸钾熏蒸消毒(又称福尔马林熏蒸消毒法)，通过计算房间体积，按照房间每立方米体积用甲醛溶液42ml、高锰酸钾21g以及水21ml计算试剂用量。熏蒸消毒前应把房间内被消毒物品表面擦拭干净，甲醛、高锰酸钾熏蒸48~72小时后，通风24~48小时以上工作人员可以进入，依据《实验动物环境及设施》附录沉降菌检测方法检测甲醛熏蒸消毒后房间内的沉降菌数量。如果检测沉降菌数≤3个，即符合消毒标准要求。
2.屏障环境使用中的维护性消毒
屏障环境使用初期往往是无菌的，随着试验的开展，工作人员的进入难免会破坏屏障环境的清洁度。为此GLP机构均制定了一系列维护性清洁消毒工作。本安评中心GLP实验室屏障环境内每日对笼架台面、工作台面、地面及易污染区域用清洁并用消毒剂进行擦拭消毒。每周两次对房间内环境天花板、墙面、门等用消毒剂进行喷雾消毒。按照SOP规定对所消毒环境进行检测消毒效果。对于未开展实验处于空闲的房间每周对台面、地面擦拭消毒一次，每月一到两次喷雾消毒。
二、物品进入屏障环境的消毒
对于使用后的笼盒、笼盖、饮水瓶、瓶塞等物品需要先清洁消毒工作，本单位选用先洗刷后浸泡消毒，再冲洗晾干的顺序来清洁物品。物品晾干后再次进入屏障环境需要根据材质的不同选择灭菌方式。例如高压蒸汽灭菌容器可以对能承受高压、高湿环境的物品消毒，如笼具、饮水瓶、饲料、垫料、抹布等物品的消毒灭菌。传递窗是对不耐高温、高压或不能水浸的物料消毒的方法。传递窗连通着屏障外环境与屏障内环境，是普通级别区域与屏障环境级别的连通器。物品从一侧放入，外表用消毒剂喷雾消毒后，开启紫外线灯照射15~30分钟后从另一侧将物品取出。
三、人员进入屏障环境的消毒
人员流向：工作人员更换工作鞋→登记本人姓名、进入目的以及进入时间→从工作辅助走廊进入第一更衣室→脱去个人外衣(包含饰品等)放入衣柜，赤脚进入第二更衣室→手放于消毒机下面喷雾消毒→带一次性口罩、帽子、手套→拿取连体无菌衣，在黄色区域内穿好→手再次喷雾消毒→进入风淋室→清洁走廊→到清洁库房拿取试验所需要的物品→进入饲养房间→试验结束后进入污物走廊→通过缓冲间返回工作辅助走廊→在第一更衣室门口脱去连体无菌衣、口罩、帽子、手套→进入第一更衣室穿取个人衣物→穿好后离开第一更衣室登记离开时间，出屏障环境。
从人员流向来看，人员经过了彻底的清洁保护和消毒工作，穿取有效的隔离防护后才进入到屏障环境内。屏障环境是进出工作人员和建筑设施共同维护和保障的融合整体。人员管理要求的科学规范与工作人员的切实执行都是保持微生物净化意义的必要条件。所以每一名工作人员均需要参加培训增强无菌意识并且按照地方要求持证(实验动物从业上岗证)上岗。
四、实验动物进入屏障环境的消毒
保障实验动物安全，屏障环境要具备检疫室。本安评中心设有检疫室，并在检疫室与屏障外环境之间设置了实验动物传递窗。
实验动物流向：新购买的实验动物由厂家装在SPF级实验动物运输盒中→检查外包装是否完整→通过盒子上方观察口观察实验动物是否成活且健康→如无异常则用消毒液(一般为75%酒精)喷雾消毒运输盒→放入实验动物传递窗内，开启紫外线灯照射10min→传入检疫室→大鼠、小鼠先称取体重并作检疫观察记录→按照SOP规定检疫5~ 7天合格后→进入实验室进行试验。
五、新风进入屏障环境的消毒
新风依靠初、中、高效三级过滤净化系统进行物理性灭菌，通过过滤净化使屏障环境内的空气洁净度等级达到7级(原标准的10000级)。空气过滤系统中的初效过滤器、中效过滤器和高效过滤器材料需要及时更换保证设施空气质量。其中春秋天的初、中效过滤器污染堵塞严重，需要频繁更换保证空气质量。高效过滤器如更换不及时，往往会在高效过滤器堵塞后出现房间压力压差不能保证目标要求的现象。
新风流向：室外空气→通过初效过滤器→空调机组→加湿器→风机(主、备交换)→中效过滤器→送风阀→除湿电加热→送风防火阀→送风风道→高效过滤器→送风口→从屋顶进入室内→通过排风口→回风管道→建筑顶部排出
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