物理消毒法是指利用物理因素杀灭或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。主要包括自然净化、热力消毒灭菌、电离辐射消毒微波消毒、超声波杀毒、等离子体灭菌、过滤除菌等。SPF级实验动物屏障环境因自身条件要求限制，主要选用脉动真空高压蒸汽灭菌、紫外灯照射杀菌、过滤除菌钴-60辐照4种灭菌物理消毒方法。
一、脉动真空高压蒸汽灭菌
脉动真空高压蒸汽灭菌属于热力灭菌法，是利用蒸汽热力作用破坏微生物的蛋白质、核酸细胞壁、细胞膜导致其死亡。SPF 级实验动物屏障通常采用蒸汽发生器为脉动真空高压蒸汽灭菌器提供热力来灭菌，而且脉动真空高压蒸汽灭菌器可根据物品性质和包裹大小来选择灭菌程序，通常选择在125~135kPa和121~125℃共同作用10~30分钟来进行灭菌。有实验表明：脉动真空高压蒸汽灭菌可杀死一般的细菌、真菌等微生物，对芽胞、孢子也有杀灭效果，是屏障中最可靠、应用最普遍的物理灭菌法。此消毒法必须要求被消毒的物品具有耐热性和能承受一定压力，例如进人屏障的饲料、垫料、水、工作服等物品。脉动真空高压蒸汽灭菌器灭菌的优点是灭菌彻底，效果明显，一次性消毒物品较多，并且可以重复灭菌。
二、紫外灯照射消毒
紫外灯可以产生紫外线，其波长范围在240~280nm具有破坏细菌病毒中的DNA或RNA的分子结构，造成生长性细胞死亡和再生性细胞死亡，达到杀菌消毒的效果。屏障紫外线杀菌灯装载的灯管均由石英玻璃制成，一般安装在动物传递窗、物品传递窗和屏障内非动物区的吊顶位置，整个灯管全部暴露在照射区域内，并且根据空间大小和照射距离选择相应类型和功率的紫外灯管。一般的情况下，在SPF级屏障内非动物区要求按照1w/m3配置紫外灯，其照射的时间≥30min。另外除前者紫外灯安装位置之外，实验动物超纯水处理器内部也装有专门的紫外灯杀菌处理装置。
三、过滤除菌
由于空气和水形态比较特殊，根据其形态分子比病原微生物小，通常采用过滤的方法将病原微生物与空气和水隔离，使病原微生物无法与空气和水同时进人SPF级实验动物屏障内，最终实现除菌目的。粗、中、高效空气过滤器和超纯水处理器是SPF级实验动物屏障过滤除菌常用设备装置。
1.粗、中、高效空气过滤器除菌SPF级实验动物屏障内的空气必须经过初、中、高效空气过滤器除菌处理后才能进人屏障内，其中粗效空气过滤器和中效空气过滤器能将空气中的较大的粉尘颗粒阻挡在屏障外，高效空气过滤器要求在额定风流量下将粒径≥0.1μm的病原微生物及粉尘隔离在高效空气过滤器上风口外，且过滤效率≥99.9%，形成新风可以进人而微生物无法通过的物理屏障。
2.超纯水处理器过滤除菌
超纯水处理器是一种采用多级滤芯进行水质净化处理的除菌设备，处理多添加无毒副作用的化学物质进行过滤、吸附、反渗透等物理除菌方法。SPF级实验动物屏障要求采用比家庭用纯水处理器精度更高的实验室专用超纯水处理器，超纯水处理器主要是依靠第五级水处理的RO膜反渗透技术过滤掉水中细菌、病毒重金属、有机化合物等。理论上超纯水处理器可以过滤掉直径0.1nm的微生物，超纯水处理器第六级还添加了紫外照射和臭氧配合杀菌，用于杀灭和抑制后期储存水箱内可能滋生的病原微生物。纯水机对水过滤除菌最大的缺陷是将水源中病原微生物除掉的同时也将所有的矿物质都过滤掉了。然而实际生产过程中，还需对处理后的纯水进行再一次矿物质添加。另有实验表明，实验用超纯水机在过滤除菌的效果没有蒸汽灭菌彻底，实验室专用超纯水机处理过的水不能达到无菌效果。
四、钴-60辐照灭菌
SPF级实验动物屏障为满足屏障内实验动物日常生理所需，进入屏障的饲料必须要求营养均衡全面，为了保证营养不缺失，可用于SPF级实验动物饲料进行辐照消灭掉饲料中的病原微生物，而保证饲料中的营养不受损。钴-60辐照可以导致病原微生物受到不可恢复的损失和破坏，辐照剂量在8×103~10×103Gy之间，即可杀灭病原微生物。钴- 60辐照灭菌不会超过毒理学危害，是实验动物饲料灭菌较为安全的灭菌方式。但是对SPF级实验动物屏障来说，钴-60辐照灭菌相对成本过高，且设备安装要求较高，所以在实际应用上均直接购买钴-60辐照灭菌商品饲料，然后通过物品传递窗紫外灯照射灭菌“脱皮”后再进入屏障。
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