按指定方向沿着建筑物缝隙的气流可以减少有害微粒的流通，如无较强干扰气流，0.5-1.0M/S的流速可控制较轻粉尘和生物粒子。通过确定相邻空间的压力及压差以控制气流方向。
在确定压差的情况下，ISPE介绍了气流通过缝隙（如门缝）的简化计算方法。
PV=(V/4005)2,V=Q/A
VP=(Q/4005▪A) 2
式中：4005为换算因子；V为速度，英尺/分，VP为速度压力，此处设为房间压差，英寸水柱；A为开孔面积，英尺为2；Q为空间流量，英尺3/分。
当孔口面积为1ft2、风量为890ft3/min时，在孔口两侧可形成0.05in水柱压差。结构缝隙会使室内渗漏风量大于计算风量，故ISPE建议再按每英尺2房间面积附加（0.05-0.5ft/min）风量，并通过渗漏测试进行调整。
原理二：根据洁净车间相对正压的值确定正压换气次数，依次计算正压渗漏风量。房间正压换气次数之间关系，可参照空调系统设计手册的推荐数值。
因洁净车间结构、密封程度等都会影响渗漏风量，故此法用于估算，详细设计时应兼顾其他因素。
压差的测量与控制
压差的测量可采用两种方式；不同房间之间；不同房间与同一个参照点之间。
小型场所有限选择不同等级区域之间的压力，没有气锁室时为洁净室之间的压差；大型设施通常采用共用参照点法，尽量减少传感器数量，以减少复合误差。
气锁室的设计
在洁净室出入口设气锁室，以阻隔外界污染气流、控制压差。常见的气锁室有三类：
梯度式：空气从压力高出通过气锁室流向抵触；
正压式：气锁室位于压力最高处，空气从气锁室向外流出；
负压式；气锁室位于压力最低处，空气由外向气锁室外流入。
在实践中，气锁室用于更衣区域于洁净生产区之间的缓冲、洁净生产区与洗衣区域之间的缓冲、成品输送通道的缓冲、包材疏通通道的缓冲。根据气锁室作用不同，确定相应的设计形式和压差控制。
不同功能区域的压差认定
更衣的前半段视为一般区，后半段进行洁净控制。更鞋、一更为一般区，气锁室为洁净车间，二更按洁净车间要求设计，相对压差一次为更鞋0Pa、一更5Pa、二更15Pa、气锁室20pa，D级洁净走廊相对压差值为25Pa，实现洁净车间与非洁净车间、不同等级洁净车间之间压差不小于10Pa的要求。D级走廊-气锁室-二更为梯度式缓冲设计，可避免低级别（无级别）房间对高级别房间的影响。
D级洁净走廊相对压差值为25Pa，防爆门斗相对压差值为30Pa，干燥间相对压差值为15Pa。D级走廊-防爆门斗-干燥间为正压式缓冲设计，可有效防止两侧房间的相互干扰。
相对负压可以防止污染物、有毒有害物质的散发，避免交叉污染。在医药洁净车间设计中，要重点辨识需要保持相对负压的房间或区域，通常需要保持相对负压的区域包括：产尘产湿房间、易燃易爆有毒区域、高致敏性物质存在区域、清洗间、放射性及特殊药品存在区域、动物房、生物安全实验室、阳性对照室等。
温湿度标准：在无特殊要求下，在18~26度，相对湿度控制在45%~65%
生物制造业车间需要对环境中尘粒及微生物污染进行控制的房间(区域)，其建筑结构、装备及其使用均具有防止该区域内污染物的引入、产生和滞留的功能。
生物制药洁净厂房污染控制：污染源控制，散播过程控制，交叉污染控制。净化室医药关键技术主要在于控制尘埃和微生物，作为污染物质，微生物是净化室环境控制的重中之重。医药厂房洁净区的设备、管道内积聚的污染物质，可以直接污染药品，却毫不影响洁净度检测，所以我们说：GMP需要空气净化技术，而空气净化技术不代表GMP！洁净度等级不适用于表征悬浮粒子的物理性、化学性、放射性和生命性。