实验室通风控制系统可根据不同的情况采用不同的控制方式，如单台通风设备定风量通风控制系统、多台通风设备变频通风控制系统、多台通过设备变频+变风量通风控制系统。单台通风设备定风量通风控制系统，操作简单，系统的开关不影响其他同房的设备，只引用需要的通风设备；防止通风系统的串联及废气的回流；便于气流的控制；系统运作费用低廉；缺点是系统前期投入费用高；安装复杂，安装空间需求大；长期维修费用贵； 适用于特别功能实验室如P2实验室、P3实验室、 无菌间、 放射性实验室、PCR实验室、动物实验室、 DNA实验室等。
多台通风设备定风量通风控制系统是多台的通风柜或通风设备经~组管道的串联由一台风机进行排风，柜上方的控制阀为电动阀，有两种控制方式:定点控制和多点控制。定点控制所有的通风设备仅用一个开关同时启动或关闭；多点控制在多台通风设备或实验室里安装开关，只要有其中一台的开关还处于启动阶段，风机还是会处于运行状态，只有所有的开关断开，风机才会停顿，整个通风系统才会停止关闭状态。优点为减低材料的运行、减少前期的投资；简化通风系统的安装、减少安装空间的需求；维护费用相对减低；多点控制可达到以人为本的实验室理念，便于操作人员根据情况开关所需的设备。缺点是属于定风量排风， 需100%的排风，系统越大，越会浪费大量的能源；管道运作量大，噪声大，风量不易于平衡，引出排风量不足的问题；排风量无法控制自如并根据实际所需量而排放。适用于要求不高的理化实验室、准备间、调配间等。赛特净化可提供实验室、净室的咨询、规划、设计、施工、安装、改造等配套服务。
多台通风设备变频通风控制系统是多台通风设备共用一台风机，采用变频控制技术，根据通风设备的使用量自动调节风机的运转，从而达到节能目的；在通风管路的主管上加风管压力传感器，另设变频柜，变频柜里安装变频控制器，通过初设一个风管压力值，由变频控制柜对系统风量进行控制；变频调速是一种先进成熟技术，是通过整流器、逆变器和控制电路将频率一定的交流电变成直流电，再将直流逆变为不同频率的交流，以达到对交流异步电机进行调速控制。对于通风系统采用PLC变频控制，直接调节风量，使无用功减少，提高系统工作效率；变频调速后风机一般以30~45Hz运行，节能达25%~70%以上，频率越低，节电率越高；实现变频软启动，减少电机启动对电网的冲击和对电机本身的危害，提高电机的寿命和系统的寿命；采用变频调速，随风量实时调节频率以调节转速，风机的运行质量大大提高。变频系统由于是多台通风设备连接在一起，通风系统对房间的高度和管井的大小都有要求，只有高度足高的房间才适用做变频系统，因为变频系统的风管尺寸较大。适用于同一个房间或同时使用的多个房间有很多通风设备，宜采用变频系统，能有效地节约能源。
为了解决通风设备末端的变风量要求和面风速恒定的要求，实现进一步节能，出现了变频+变风量通风控制系统，系统包括风速传感器、红外线探测器、 风量控制阀、自动控制器面板和操作终端。采用变频调速，直接调节风量，使无用功减少， 提高系统工作效率；风量末端加传感器控制变频器，比单独采用变频系统在主管加压力传感器控制变频器的控制精度要高很多， 变频调速后风机一般以30~45Hz运行，节能达50%~70%以上，频率越低，越节能；随风量实时调节频率以调节转速，风机的运行质量大大提高；变频系统由于是多台通风设备连接在一起，通风系统对房间的高度和管井大小都有要求，只有高度足够的房间才适用做变频+变风量系统。适用于同一个房间或同时适用多个房间有很多通风设备，宜采用变频+变风量系统，控制效果最好，节能最多。