洁净室机组安装就位后进行水系统管道安装施工，或将已布置好的水系统管道与机组蒸发器和冷凝器的水管口连接；进出水管路应按机组上标识要求连接， 一般规定为：冷凝器水管下进上出，蒸发器冷媒接管侧为冷冻水进水口侧；水系统必须选配流量和扬程合适的水泵，以确保机组正常供水，水泵与机组和水系统管路之间除采用防振软连接头连接外，还应自设支架以免机组受力，安装时的焊接工作应避免对机组造成损坏；机组进水管路前必须安装水过滤器，系统水管路冲洗和保温要在与机组连接前进行，避免脏物损坏机组；水室设计承受水压1.0MPa，为防止损坏蒸发器和冷凝器，不可超压使用。
在蒸发器和冷凝器的出水管上安装流量开关，流量开关应垂直安装在出水管上，流量开关两边至少应有5倍管道直径的直管段；不要将其安装在接近弯管、孔板及阀[ ]的附件；为防止流量开关的颤抖，应将水系统中的所有的气体排放出去；开关上箭头指向必须与水管的水流方向一致。冷却水管路系统必须先安装防振软连接头、温度计、压力表、排水阀、截止阀、水过滤器、止逆阀、靶式流量控制器等，再与冷却塔进出水管路相连；供水管路要尽可能短，管路的规格要根据水泵的有效扬程、管路流量 和流速而定，而不依照接头规格。冷凝器的水口方向可以根据用户要求更改，需要确认正确的隔板位置，使用新的橡胶密封圈；冷却水的温度、流量测量装置需重新布置；拆装水室端盖时，紧固螺栓要按一定顺序进行。
膨胀水箱应安装在高于空调系统最高处1~1.5m处，水箱容量约为整个系统水量的1/10；水管应尽量避免垂直方向的变化，在管路的高处与膨胀水箱之间安装手动或自动排气阀；进水和出水管路的直管段上安装温度计和压力表，避免将其安装在太接近弯管的地方，各低点应配有防水接头，以便放清系统中的雨水，在操作机组之前，把截止阀接到放水管路上，装在进水和出水接头附近；蒸发器进出水管之间应有旁通管道，便于管道清洗和检修，使用柔性接头可以减少振动的传递；冷冻水管路和膨胀水箱应进行保温处理，阀件接头处应留出维护操作部位；管道做过气密性试验后，再包保温层，以避免热传递和结露，保温层上应罩有防潮密封。
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