工程设计是推行GMP的重要环节，它涉及到国家政策、经济技术、企业效益等多个方面；作为一个整体，工程设计中各个专业有各自的设计范围，一个成功的设计是各个专业智慧的结晶，是相互合作的成果。给水排水作医药工程设计的辅助专业，除应充分配合其他专业外，还需要做好以下几方面的工作：
一、生活给水
生活给水水质应满足《生活饮用水卫生标准》(CB5749-85)的要求，给水管材宜采用国家建设部推荐的PEX管或PPR管，与之配套的管件应采用与管材相应的材质；经济条件允许时，宜优先采用不锈钢管。
二、生产循环水
生产循环水水质应满足《工业循环冷却水处理设计规范》(GB50050 -95)的要求，循环水供、回水小口径管可采用PEX管或PPR管，大口径管可采用无缝钢管；与之配套的管件应采用与管材相应的材质。
三、排水
（1）洁净室内的排水设备以及与重力回水管相连的设备，必须在其排水口以下部位设水封装置。
（2）排水管不宜穿过洁净室(区)，如必须穿过时，立管上不得设置检查口。
（3）100 级洁净室(区)内不得设置地漏，1万级和10万级的洁净室(区)内应少设地漏，若必须设时，应采用符合GMP要求的不锈钢地漏。
四、给排水设施
（1）洗手池：GMP的要求是减少和避免交叉污染，洗手池的水龙头设计时最好采用感应水龙头。
（2）洗涤池：洁净室(区)内洗涤池，作用是清洗设备、容器、工具，为符合GMP的要求，通常有两种作法：
①落地式不锈钢洗涤池，池四周用同样钢板围护与池做成一体，池与墙壁接触部位密封好，避免滋生细菌。
②地槽型，地面下做一有斜面的槽，槽内表面贴不锈钢板，深度350mm为宜，洗刷较大工具时，采用此种方式最合适。
（3）厕所和淋浴室：洁净室(区)内厕所和淋浴室的设置是一个难以统一的问题。有洁净度要求的区域内不得设厕所，厕所宜设在人员净化室外；如需设在净化室内，厕所间必须有前室，以供人厕前换鞋、更衣。淋浴室可不作为人员净化的必要措施，特殊需要时，可靠近盥洗室。按要求设置的厕所和淋浴室内必须采用机械送、排风。
五、管道敷设
洁净厂房内的管道一般均要求暗设，其目的使洁净生产环境减少积尘点。管道暗设的作法有以下三种：
（1）技术夹层：技术夹层是最常用的水平管线暗设方法，其设置大体有三种方式：
①在单层厂房顶部设技术夹层。
②二层为洁净车间，一层为辅助用房，其上部可作为技术夹层。
③一层为洁净车间，二层为辅助用房，其优点管线安装、检修方便。
（2）管道坚井，所需的支管线均由夹层内的主管线通过管道竖井引下。
（3）技术走廊，固体制剂车间中，在有粉尘散发的房间后侧设技术走廊，其内可安装管线及送、回风管等。
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