一、纯化水管道的流速设计
纯化水管道输送系统应使用循环方式，所有的使用点都分配在这个循环管道之上，合理的设计管道内流速有利于控制微生物的滋生。纯化水泵是整个分配系统的运行动力，通过循环分配管道将纯化水送至每个使用点。当输送管道是同一个管径的时候，前端使用点用水，后端管道内的水流量会越来越小，其流速也会随之变小，从而出现低于流速最低设计的风险，ISPE水系统的储存和分配中提到纯化水回水流速应大于3feet/s (1feet=0.3048米)，也就是0.9144m/s，在实际生产过程中，每个客户会根据自身企业要求设定不同回水流速标准，一般为1~1.5m/s区间范围，为保证回水流速要求，纯化水循环分配系统会安装回水流量计用以监测回水流速，通过回水流量和纯化水泵的变频控制，来保证系统动态过程中回水流速。
二、选择在线紫外线消毒器
1.紫外线的杀菌原理
微生物体内均含有DNA和RNA，而DNA和RNA都拥有磷酸二酯根据嘧啶碱基与嘌呤相匹配的原则连接多核酸链，其对紫外线光有超强的吸收能力。通常认为紫外线的杀菌原理与变异、遗传以及破坏细胞代谢等情况有决定性作用的核酸有关，波长在200～300nm范围的紫外线具有杀菌作用，其中波长为254nm的紫外线所产生的杀菌效果是最佳的。这是由于细胞当中的核蛋白DNA 的紫外线吸收峰值的范围刚好是254～257nm。
2.中、低压紫外线杀菌装置
通常会使用中压灯管和低压灯管来设置紫外线灯管，低压灯管所制造的紫外线灯管内的气压小于103Pa， 紫外灯用来杀菌时所发出的是单色254nm紫外光，单只紫外灯管的实际功率<100W；中压灯管所设计出的紫外线灯管内气压为104～106Pa，紫外线灯管连续输出200nm～300nm多普段紫外光，单只紫外线灯管的功率就达到了700W。微生物通过254nm紫外线光照射之后，其DNA就产生了变化，虽然如此，但是紫外线杀菌装置还是无法完全起到杀菌作用，通常会以99.9%作为低压灯管紫外线灯管杀菌效果的衡量标准。一些受伤的微生物，经过一段时候之后，其DNA还是会进行自我修复，因此，传统的低压灯管紫外线灯管只能在一定程度上控制微生物的数量，却没有办法完全保证能把菌杀灭，而中压灯管多谱段紫外线就能实现较好的效果。
三、系统周期杀菌装置
系统运行了一个周期之后，按照系统微生物的忍耐程度，通过一系列的实验充分证明做好周期性消毒工作是十分有必要的。周期性消毒系统分为化学消毒和热消毒这两大类。
化学消毒有双氧水消毒和臭氧消毒，而热消毒则可以是80℃以上的巴氏消毒等。
消毒的目的和过程是细菌的去除、消灭，消毒介质的渗入，促使系统微生物的污染数量减少到能够接受的状态。当系统使用不锈钢管道来实现纯化水输送时，化学消毒方式和80℃的巴氏消毒方式相比，后者消毒具有更多优点。
巴氏消毒时具有在线控制温度的能力，能够有效的对设备和管道中水的温度进行实时监控，通过温度监测和阀门连锁控制，使管道最冷点的温度大于80℃，同时不确保消毒时间大于60min，在经过消毒之后就不需要测定消毒介质的残留物。其消毒的过程是全自动的，因此，在正常工作时间之外就能够进行消毒工作，并且还不需要有专人在场。大多数的生长态微生物都是不耐高温的，并且高温存在较强的穿透力，在相对长时间下传递到系统中的隔膜阀片、垫圈小细缝等化学消毒液很难起到实际作用，对这些地方起到消毒作用是化学消毒液无法做到的。1%的双氧水需要经过1/2h 才能实现消毒效果，而60℃的热水只要10分钟就能起到消毒效果，通过实验数据分析可知，以热水作为消毒方式的监测效果要比1%双氧水起到的消毒效果要好。使用1%的双氧水进行消毒后，经过5～6天的时间微生物的数量又会出现反弹，坚持每30天用热水消毒一次，在7个月之后微生物的数量就基本接近零或者是保持零的状态。
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