无菌净化食品生产工厂的设计参考GB50457-2008进行，主要包括厂址选择和总平面布置、工艺设计、工艺管道及设备、建筑、空气净化。分别阐述如下：
一、厂址选择和总平面布置
1.厂房所在地大气含尘浓度、含菌浓度、含有害气体的浓度低，且自然环境好。
2.厂房选择远离交通要道、机场、铁路、码头。
3.远离有大量粉尘和有害气体的工厂、仓库、堆场、严重空气或水质污染的或振动和噪音干扰区域(如不能远离这些地方，应位于其最大频率风向上风侧。
4.总平面布置考虑无菌净化区域人流、物流尽量不穿越的地方，三废处理、锅炉等污染比较严重的应布置于全年最大频率风向的下风侧。
二、工艺设计
1.根据工艺流程进行设计，对空气净化洁净等级要求相应的设备管道、气流及净化空调系统等。
2.防止人流物流交叉污染，分别设置人流和物流进入生产区域出入口；对生产过程中造成污染的物料应设置专用出入口；分别设置人流物流进入无菌车间的前净化室和设施；输送物料通道与人流分开设置；在无菌净化车间内物料传递路线尽量短。
3.无菌净化区域应靠近空气调节机房布置，减少投资，节约资源，
4.不同品种的产品不交叉生产。
5.无菌衣服、鞋、口罩、仪器、设备等需要做相应的清洗、消毒、干燥等处理。
6.人员净化、物料净化遵循相应的流程操作，物料净化与生产的食品类别及其生产工艺流程不同，但人员净化流程基本一致。
三、工艺管道及设备
1.无菌车间尽量少管道，满足食品生产工艺要求管道尽量短，不同用途的管道做不同的颜色标记。
2.管道及接头、阀门等配件应不吸附和污染介质，阀门应拆卸、清洗、检修方便。
3.加热管道采用无缝碳钢钢管，上进下出，需要保温。
4.冷却水管管道采用镀锌管密闭式专用水管铺设地沟进出。
5.管道设置内容物和流向应做标记。
6.压缩空气管道采用无缝不锈钢管或高压ABS工程塑料管铺设，上进下出。
7.纯水管道采用不锈钢314或者316管道铺设。
8.污水排放管道采用大口径耐压工程塑料密闭式地沟铺设。
9.设备根据所生产的食品生产工艺需要配制相应的设备。
四、建筑
1.满足食品企业生产工艺流程、装备、管道安装、人流和物流作业要求。
2.无菌净化区域的净化设计、装修，便于维护。
3.防火、疏散安全性要求。
4.无菌净化车间高度不低于4m，车间跨度大于12m 为佳。
5.无菌净化区域的隔断和吊顶要求气密性好，拆除方便。
五、空气净化
空气净化对于处理达到30万级对于目前食品企业最大的问题是投资大、工程复杂。但对于树立世界级食品品牌的塑造，投资无菌净化车间是大势所趋，也是对我们老百姓吃上健康、安全、美味食品的最有效保障之一。
1.空气净化系统由空气净化、空气调节两部分组成。
2.空气净化就是对送入无菌车间的空气进行除尘、除菌，达到生产需要。
3.空气调节是对空气温度进行制冷或制热、除湿或加湿调节。
4.食品生产企业采用集中式空气净化处理，由送风、回风、排风系统包括静音风箱、鼓风机、风管、消音器、风阀等管道送风和由鼓风机、新风除湿器、新风粗过滤器、初效过滤器、循环风机、中效过滤器、高效过滤器组成的空调过滤系统两部分组成。
5.无菌车间空调参数参考：夏季24~26℃，湿度55~65%；冬季18~20℃， 湿度45~55%.
6.制冷机组可以选择风冷式制冷机组或者水冷式制冷机组，包括螺杆压缩机组、水泵、水塔、膨胀水箱、循环水管、阀门、测量指示仪表等，主要作制冷或制热作用。
7.净化空调箱由箱体、风机新风入口、新风过滤网、粗过滤器、回风口、冷交换盘管、蒸汽加热或者电加热盘管、中效过滤器、送风口、消音器等组成。
8.紫外线杀菌灯的安装和布置需规范。
9.车间设计为2度倾斜以便排污及清洁，墙面应防潮便于清扫，地面有相应排污口。
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